试管婴儿胚胎发育差的原因与多个因素有关，常见的原因主要包括三个因素：患者因素，临床因素及辅助生殖实验室因素。

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患者因素：患者因素涉及患者双方的年龄，适应证，生活习惯，女性患者内分泌情况等。随着患者年龄尤其是女性患者年龄的增大，其胚胎发育差的可能性增大；当适应证为高度畸形精子症或女性卵巢低反应时，其后续胚胎发育差的可能性增大；女性患者基础FSH与LH的异常与较差的卵子质量相关，会造成后续胚胎发育差的可能性增大；患者如果在日常生活中有吸烟习惯，也会对后续胚胎发育造成影响。

临床因素：临床因素涉及患者的个体化治疗方案、扳机时间的确定等。促排卵方案应该针对不同的患者进行相应细化，以取得较好的效果。但受限于患者多变的自身情况，使用某种促排卵方案可能会产生较差的卵子继而对后续胚胎发育造成影响，经过对促排卵方案的调整可能会改善这种情况。扳机时间对于后续胚胎的发育非常重要，对于大多数患者，扳机时间有较统一 的标准，但对于一些特殊的患者，常规的扳机时间也许会显得不合适继而造成后续胚胎发育较差，需要根据实际情况进行调整。

辅助生殖实验室因素：实验室因素涉及配子的处理及胚胎的培养等。实验室对于配子的处理和胚胎的培养有统的标准，对于处于体外环境的配子及胚胎，尽量保持其所处环境的一致性，减少其在体外培养过程中受到的外界刺激。实验室中很多因素可导致胚胎发育质量变差，培养液的批次之间的稳定性，实验室空气中挥发性有机物的含量，培养箱的稳定性，培养箱所用气体的质量，胚胎实验室人员操作的标准性等对胚胎的发育都会造成影响。因此需要严格的质控措施以保证结果的稳定性。